1. บูตเซกเตอร์ไวรัส (Boot Sector Viruses) หรือ Boot Infector Viruses คือไวรัสที่เก็บตัวเองอยู่ในบูตเซกเตอร์ของดิสก์ การใช้งานของบูตเซกเตอร์ คือเมื่อเครื่องคอมพิวเตอร์เริ่มทำงานขึ้นมาครั้งแรก เครื่องจะเข้าไปอ่านบูตเซกเตอร์ โดยในบูตเซกเตอร์จะมีโปรแกรมเล็ก ๆ ไว้ใช้ในการเรียกระบบปฏิบัติการขึ้นมาทำงาน
การทำงานของบูตเซกเตอร์ไวรัสคือ จะเข้าไปแทนที่โปรแกรมที่อยู่ในบูตเซกเตอร์ โดยทั่วไปแล้วถ้าติดอยู่ในฮาร์ดดิสก์ จะเข้าไปอยู่บริเวณที่เรียกว่า Master Boot Sector
หรือ Partition Table ของฮาร์ดดิสก์นั้น ถ้าบูตเซกเตอร์ของดิสก์ใดมีไวรัสประเภทนี้ติดอยู่ ทุก ๆ ครั้งที่บูตเครื่องขึ้นมา เมื่อมีการเรียนระบบปฏิบัติการจากดิสก์นี้ โปรแกรมไวรัสจะทำงานก่อนและเข้าไปฝังตัวอยู่ในหน่วยความจำเพื่อเตรียมพร้อมที่จะทำงานตามที่ได้ถูกโปรแกรมมา ก่อนที่จะไปเรียนให้ระบบปฏิบัติการทำงานต่อไป ทำให้เหมือนไม่มีอะไรเกิดขึ้น
2. โปรแกรมไวรัส (Program Viruses) หรือ File Intector Viruses เป็นไวรัสอีกประเภทหนึ่งที่จะติดอยู่กับโปรแกรม ซึ่งปกติจะเป็นไฟล์ที่มีนามสกุลเป็น COM หรือ EXE และบางไวรัสสามารถเข้าไปอยู่ในโปรแกรมที่มีนามสกุลเป็น SYS ได้ด้วย การทำงานของไวรัสประเภทนี้ คือ เมื่อมีการเรียกโปรแกรมที่ติดไวรัส ส่วนของไวรัสจะทำงานก่อนและจะถือโอกาสนี้ฝังตัวเข้าไปอยู่ในหน่วยความจำทันทีแล้วจึงค่อยให้โปรแกรมนั้นทำงานตามปกติ เมื่อฝังตัวอยู่ในหน่วยความจำแล้ว 
หลังจากนี้หากมีการเรียกโปรแกรมอื่น ๆ ขึ้นมาทำงานต่อ ตัวไวรัสจะสำเนาตัวเองเข้าไปในโปรแกรมเหล่านี้ทันที เป็นการแพร่ระบาดต่อไป 
นอกจากนี้ไวรัสนี้ยังมีวิธีการแพร่ระบาดอีกคือ เมื่อมีการเรียกโปรแกรมที่มีไวรัสติดอยู่ ตัวไวรัสจะเข้าไปหาโปรแกรมอื่น ๆ ที่อยู่ติดเพื่อทำสำเนาตัวเองลงไปทันที แล้วจึงค่อยให้โปรแกรมที่ถูกเรียกนั้นทำงานตามปกติต่อไป
3. ม้าโทรจัน (Trojan Horse) เป็นโปรแกรมที่ถูกเขียนขึ้นมาให้ทำตัวเหมือนว่าเป็นโปรแกรมธรรมดาทั่ว ๆ ไป เพื่อหลอกล่อผู้ใช้ให้ทำการเรียนขึ้นมาทำงาน แต่เมื่อถูกเรียกขึ้นมา ก็จะเริ่มทำลายตามที่โปรแกรมมาทันที ม้าโทรจันบางตัวถูกเขียนขึ้นมาใหม่ทั้งชุด โดยคนเขียนจะทำการตั้งชื่อโปรแกรมพร้อมชื่อรุ่นและคำอธิบาย การใช้งานที่ดูสมจริง เพื่อหลอกให้คนที่จะเรียกใช้ตายใจ จุดประสงค์ของคนเขียนม้าโทรจันคือเข้าไปทำอันตรายต่อข้อมูลที่มีอยู่ในเครื่อง หรืออาจมีจุดประสงค์เพื่อที่จะล้วงเอาความลับของระบบคอมพิวเตอร์ม้าโทรจันถือว่าไม่ใช่ไวรัส เพราะเป็นโปรแกรมที่ถูกเขียนขึ้นมาโดด ๆ และจะไม่มีการเข้าไปติดในโปรแกรมอื่นเพื่อสำเนาตัวเอง แต่จะใช้ความรู้เท่าไม่ถึงการณ์ของผู้ใช้ เป็นตัวแพร่ระบาดซอฟต์แวร์ที่มีม้าโทรจันอยู่ในนั้นและนับว่าเป็นหนึ่งในประเภทของโปรแกรมที่มีความอันตรายสูง เพราะยากที่จะตรวจสอบและสร้างขึ้นมาได้ง่าย ซึ่งอาจใช้แค่แบต์ไฟล์ก็สามารถโปรแกรมม้าโทรจันได้ 
4. โพลีมอร์ฟิกไวรัส (Polymorphic Viruses) เป็นชื่อที่ใช้เรียกไวรัสที่มีความสามารถในการแปรเปลี่ยนตัวเอง ได้เมื่อมีการสร้างสำเนาตัวเองเกิดขึ้น ซึ่งอาจได้ถึงหลายร้อยรูปแบบ ผลก็คือ ทำให้ไวรัสเหล่านี้ยากต่อการถูกตรวจจัด โดยโปรแกรมตรวจหาไวรัสที่ใช้วิธีการสแกนอย่างเดียว ไวรัสใหม่ ๆ ในปัจจุบันที่มีความสามารถนี้เริ่มมีจำนวนเพิ่มมากขึ้นเรื่อย ๆ
5. สทิลต์ไวรัส (Stealth Viruses) เป็นชื่อเรียกไวรัสที่มีความสามารถในการพรางตัวต่อการตรวจจับได้ เช่น ไฟล์อินเฟกเตอร์ ไวรัสประเภทที่ไปติดโปรแกรม ใดแล้วจะทำให้ขนาดของ โปรแกรมนั้นใหญ่ขึ้น ถ้าโปรแกรมไวรัสนั้นเป็นแบบสทิสต์ไวรัส จะไม่สามารถตรวจดูขนาดที่แท้จริงของโปรแกรมที่เพิ่มขึ้นได้ 
เนื่องจากตัวไวรัสจะเข้าไปควบคุมดอส เมื่อมีการใช้คำสั่ง DIR หรือโปรแกรมใดก็ตามเพื่อตรวจดูขนาดของโปรแกรม ดอสก็จะแสดงขนาดเหมือนเดิม ทุกอย่างราวกับว่าไม่มีอะไรเกิดขึ้น
6. Macro viruses จะติดต่อกับไฟล์ซึ่งใช้เป็นต้นแบบ (template) ในการสร้างเอกสาร (documents หรือ spreadsheet) หลังจากที่ต้นแบบในการใช้สร้างเอกสาร
ติดไวรัสแล้ว ทุก ๆ เอกสารที่เปิดขึ้นใช้ด้วยต้นแบบอันนั้นจะเกิดความเสียหายขึ้น